Análisis de su estructura, diversidad específica y del patrón de variabilidad espacial y temporal (estacional, interanual o de largo plazo) en relación con las condiciones del ambiente, tanto naturales como antropogénicas. Se instrumenta a través de monitoreos continuos y evaluaciones integradas con disciplinas complementarias (química, física y geología, cuando es posible) en diferentes ecosistemas costeros.
Autoecología de especies costeras y estuarinas consideradas claves, evaluando su demografía, distribución espacial y temporal, nutrición, fecundidad, estrategia reporductiva, reclutamiento y producción, con la finalidad de analizar la importancia de su rol en el ambiente considerado.
Análisis oceanográfico de patrones y procesos planctónicos asociados a cambios físicos, antropogénicos y del clima a nivel global.
